A origem da Unimep está ligada ao Colégio Piracicabano, fundado em 1881 pela missionária norte-americana Martha Watts. A qualidade, o pioneirismo e o diferencial no ensino deram origem, em 1964, aos primeiros cursos de nível superior: economia, administração e ciências contábeis, inicialmente reunidos como Faculdades Integradas. Essa expansão resultou no reconhecimento da Unimep pelo Ministério da Educação, como a primeira universidade metodista da América Latina, em 1975.

Atualmente, a Unimep oferece mais de 50 cursos de graduação (bacharelados, licenciaturas e tecnológicos), além dos cursos de pós-graduação (especialização, mestrado e doutorado). A instituição, que iniciou suas atividades com apenas uma aluna, conta com aproximadamente 11 mil estudantes em seus quatro campi: Taquaral e Centro, ambos em Piracicaba, Santa Bárbara d’Oeste e Lins.

A Unimep tem raízes também na tradição: nasceu da semente educacional plantada pelo líder precursor do movimento metodista, John Wesley (1703-1791), que fundou em 1748, na Inglaterra, a primeira escola metodista: a Kingswood School. Desde então, os colégios, faculdades e universidades metodistas multiplicaram-se pelo mundo. A Rede Metodista de Educação, à qual a Unimep está vinculada, integra hoje um universo de mais de 700 instituições metodistas em 67 países.